Фамилия Кубатиев ведет начало от прозвища Кубатий, а оно, скорее всего, восходит к турецкому слову kubat — «грубый, неотесанный», «неуклюжий, нескладный». Казалось бы, такое прозвище указывает на не самые лестные черты характера основателя рода. Но здесь вступает в силу древний обычай, распространенный у многих народов Запада и Востока: имя-оберег. Надеясь вырастить воспитанного, доброго и внимательного мальчика, родители нарочно называли его Кубатием — чтобы злые духи не позарились на ребенка, решив, что он никчемен.

Фамилия образована по русской патронимической модели с суффиксом -ев, который присоединялся к основам на мягкий согласный или на -й. В данном случае основа — Кубатий, и суффикс -ев указывает на принадлежность: «сын Кубатия». Это типичная модель для фамилий, которые закрепились в русской среде, но корни уходят в тюркскую лексику. Встречаются и однокоренные варианты, например Кубатов, где суффикс -ов присоединен к той же основе, но без конечного -ий.

Интересно, что слово kubat в тюркских языках могло иметь и другое значение — «крепкий, плотный», что тоже правдоподобно для прозвища, данного по внешности. Однако первое, «грубый», встречается в словарях чаще. Спор между этими версиями неразрешим без знания конкретной истории рода, но в любом случае прозвище описывало либо характер, либо физическую стать человека.

Фамилия Кубатиев — редкая. Она не входит в списки массовых русских фамилий, что говорит о ее позднем закреплении или узком ареале бытования. Вероятнее всего, она встречается среди потомков тюркских народов, принявших православие и русифицировавших фамилию. Встречается и написание через о — Кобатиев, что связано с аканьем в южнорусских говорах, но исходная форма закрепилась через у.