Фамилия Кубесов — редкая и неоднозначная по происхождению. В русской ономастике она стоит особняком, потому что её основа не очевидна ни для славянского, ни для тюркского уха. Чтобы разобраться, нужно оттолкнуться от суффикса.

Фамилия образована по модели «-ов/-ев», самой распространённой в России. Это значит, что в основе лежит личное имя или прозвище Кубес. Что такое «Кубес» — вопрос открытый. Первая и наиболее вероятная версия — тюркская. В казахском и башкирском языках есть слово «күбес» или «кубес», означающее «кольчуга», «панцирь», «доспех». Прозвище Кубес могли дать воину, кузнецу-оружейнику или просто крепкому, «непробиваемому» человеку. В пользу этой версии говорит и география: фамилия встречается у поволжских татар, башкир и в среде оренбургских казаков, где тюркские заимствования были обычны.

Вторая версия — отчество от дохристианского имени Кубес, которое могло быть вариантом имени Куба (от «куб» — мера сыпучих тел) или сокращением от славянского имени Кубеслав (если такое и существовало, то в единичных случаях). Но это предположение слабое, так как в древнерусских памятниках имя Кубес не зафиксировано.

Третья, менее популярная гипотеза — связь с диалектным словом «кубес» (плохой, негодный) в некоторых северных говорах. Однако фамилия Кубесов практически не встречается на Русском Севере, что делает эту версию натянутой.

Словообразовательно фамилия стоит в ряду с однокоренными Кубеев, Кубенов, Кубасов. Но в отличие от них, Кубесов несёт более конкретный, «ремесленный» оттенок. Если предки носителя фамилии были из татарских или башкирских родов, то исходное прозвище могло указывать на мастера по изготовлению доспехов. Если же фамилия русская — скорее всего, она прозвищная, и прозвище дали за внешнюю или внутреннюю «броню»: суровый, стойкий человек.

Сословная принадлежность Кубесовых не определена: среди них могли быть и крестьяне, и служилые люди (казаки), и мещане. В документах XVIII–XIX веков фамилия встречается в Оренбургской и Уфимской губерниях, что снова указывает на её восточное происхождение. Сегодня Кубесовы — редкая фамилия, и каждый её носитель может быть связан с историей пограничных земель России, где смешивались славянские и тюркские традиции.