Фамилия Кубинев — пример относительно редкой русской фамилии с прозрачной, но неоднозначной этимологией. В её основе лежит прозвище или неканоническое имя Кубинь, Кубиня, которое, скорее всего, образовано от слова «куб» или «кубик». В русских говорах «кубом» называли не только геометрическую фигуру, но и большой чан для варки пива или кваса, а также меру сыпучих тел. Человек с таким прозвищем мог быть пивоваром, бочаром или просто коренастым, плотным мужчиной — «кубистым» на местном диалекте.

Модель образования указывает на восточнославянское происхождение: суффикс -ев присоединился к основе Кубин- (от имени Кубиня). Форма Кубинев, а не более ожидаемая Кубинов, говорит о том, что прозвище или имя имело мягкую основу (Кубинь), и притяжательное прилагательное звучало как «Кубинев сын» — то есть сын Кубиня. Это типичная патронимическая модель, распространённая в центральных и южных регионах России.

Стоит учесть и другую версию: фамилия могла возникнуть от имени Куба, уменьшительной формы от Куприян (Куприян → Купря → Куба). Фонетически переход «Куба» в «Кубинев» менее естественен, но возможен при добавлении суффикса -ин (Кубин) и последующем изменении окончания. Однако первая версия — от прозвища, связанного с формой или ремеслом — выглядит правдоподобнее, так как сохраняет смысловую связь с конкретным занятием или внешностью.

Географически фамилия встречается разрозненно, без выраженного гнезда, что характерно для поздних и относительно редких фамилий. В дореволюционных источниках Кубиневы могли числиться как крестьяне или мещане, но точных сословных данных по этой фамилии нет. В отличие от массовых фамилий на -ов, она сохранила редкость, что делает её интересным объектом для локального генеалогического поиска: скорее всего, предки носителя жили компактно в одном или двух соседних уездах.