Фамилия Кубов — одна из тех, где за простой короткой основой скрывается неочевидный, а иногда и спорный смысл. В самом прямом и правдоподобном объяснении она восходит к прозвищу Куб, а оно, в свою очередь, к глаголу «кубить». В русских говорах это слово означало «мерить, рассчитывать объём», и чаще всего относилось к измерению сыпучих тел или земельных наделов. Скорее всего, Кубом прозвали человека, который занимался обмером крестьянских участков — своего рода сельского землемера или приказчика, отвечавшего за справедливый передел земли. Такая профессия была востребована в общинах, особенно в период переделов пашни.

Не исключён и бытовой, внешний путь возникновения прозвища. Слово «куб» в переносном смысле могло обозначать нечто коренастое, плотное, объёмное. Отсюда — прозвище для низкорослого, но широкоплечего, крепко сбитого человека. В этом случае фамилия Кубов — «сын Куба», то есть человека с такой характерной фигурой. Обе версии — профессиональная и описательная — вполне укладываются в модель русских прозвищ, которые давали либо по занятию, либо по внешности.

Менее убедительной выглядит гипотеза о связи с названием острова Куба. Слово это вошло в русский язык лишь в XVIII–XIX веках, и массовые прозвища по географическим названиям Нового Света для русской деревни того времени — редкость. Скорее всего, такое объяснение появилось уже задним числом, когда фамилия стала редкой и загадочной.

По суффиксу фамилия — типично русская, патронимическая: -ов указывает на принадлежность («чей?» — Кубов). Окончание говорит о том, что фамилия сложилась в центральных или северных регионах России, где преобладала эта модель, в отличие от украинских или белорусских аналогов с суффиксами -енко или -ук. Встречаемость фамилии невысокая, что подтверждает её узкопрофессиональное или локальное происхождение: скорее всего, предки носителей жили в одной местности и занимались одним делом.