Фамилия Кубко — типичный пример восточнославянской модели, где суффикс -ко указывает на происхождение по отцу («сын такого-то»). В основе лежит либо имя, либо прозвище Куб, а само слово Кубко буквально означало «сын Куба».

Самая вероятная версия — связь с тюркским (татарским) именем Куба или Кубай. Это имя было заимствовано русскими и украинцами достаточно давно, и фамилии на -ко от него не редкость. В этом случае Кубко — «сын Кубы», то есть потомок человека, носившего такое имя.

Менее вероятно, что в основе лежит прозвище Куб, образованное от глагола «кубить» (значение неясно, возможно, связано с округлой формой). По другой версии, Кубом могли прозвать низкорослого широкоплечего человека — за сходство фигуры с кубом, геометрической фигурой. Однако эта гипотеза слабее, так как прозвища по геометрическим формам в русской традиции редки, а тюркское имя Куба задокументировано.

Суффикс -ко характерен для украинских, белорусских и южнорусских фамилий. Поэтому географически фамилия Кубко скорее всего тяготеет к Украине или Белоруссии, хотя носители встречаются и в других регионах. Встречаются однокоренные фамилии Кубов, Кубенко, Кубик — все они образованы от той же основы, но с разными суффиксами.