Скорее всего, фамилия Кубко восходит к татарскому мужскому имени Куба (Кубай), которое было заимствовано русскими и украинцами достаточно давно. Менее вероятно, что в основе фамилии Кубко лежит прозвище Куб, восходящее к глаголу «кубить», т.е. Например, Кубом могли прозвать низкорослого широкоплечего человека. Поэтому Кубко буквально понималось как «сын Кубы».