Фамилия Кубова — женская форма, в основе которой лежит мужское прозвище Куб. Самая вероятная версия происхождения связана с глаголом «кубить», то есть измерять, мерить. В крестьянском быту кубом могли называть человека, который занимался обмером земельных наделов — своего рода полевого оценщика. Такая работа требовала точности и доверия, поэтому прозвище могло закрепиться за конкретным родом.

Есть и другая, бытовая версия: Кубом в народе могли прозвать человека приземистого и широкоплечего, по сходству фигуры с геометрической фигурой — кубом. Это объяснение менее формальное, но вполне правдоподобное для деревенской среды, где прозвища часто давали по внешности.

Гипотеза о связи с названием острова Куба выглядит маловероятной. Фамилия явно славянского корня, и её географическая привязка — скорее к местным говорам, чем к Карибскому региону. В русских говорах слово «куб» имело и другие значения: например, так называли котёл для варки соли или перегонный куб для смолы, но эти значения реже становились основой для личного прозвища.

Сама фамилия образована по стандартной модели: к основе Куб добавился суффикс -ов, указывающий на принадлежность («чей?» — Кубов). Женская форма Кубова означает «дочь или жена Куба». Суффикс -ов в этой фамилии — один из самых распространённых в русской ономастике, что говорит о её давнем бытовании в центральных и северных губерниях России.