Фамилия Кубинов — редкий случай, когда основа настолько неочевидна, что приходится перебирать несколько версий, и ни одна из них не лежит на поверхности. Суффикс -ов указывает на типичную русскую модель образования: от прозвища или имени, оканчивающегося на твёрдый согласный. Вопрос в том, что скрывается за корнем «Кубин-».

Самая прямая версия — географическая. Прозвище Кубин могли дать человеку, пришедшему с Кубани. Переход «Кубань» → «Кубин» (человек с Кубани) — фонетически возможен, особенно в говорах, где «а» после мягкого редуцировалось или переосмысливалось. На Кубани фамилия встречается, что косвенно подтверждает эту гипотезу. Менее вероятно, но не исключено: связь с гидронимом Куба (река в бассейне Волги) или с названием озера Кубинское в Вологодской области. В этом случае предок был «кубинским» — то есть живущим у той самой Кубы или Кубинского озера.

Другая версия — от тюркского или кавказского имени Куба (в значении «светлый», «буланый» или как сокращение от Кубат). В русской среде такое имя могли переделать в прозвище Куба, а от него — Кубинов. Эта версия правдоподобна для регионов, где русские контактировали с тюрками или народами Кавказа: низовья Волги, Оренбуржье, Терек.

Третья, более прозаичная гипотеза — от прозвища Кубик (человек плотного, коренастого телосложения) через форму Кубин. Но в таком случае следовало бы ожидать фамилию Кубиков, а не Кубинов. Суффикс -ин обычно присоединяется к основам на -а/-я (Кубя → Кубин), а -ов — к основам на твёрдый согласный. Здесь же мы видим -ов при основе, оканчивающейся на -ин. Это значит, что исходное прозвище звучало именно как «Кубин», а не «Куба». Поэтому версия с Кубиком слабая.

Возможен и вовсе экзотический вариант: фамилия могла возникнуть из профессионального прозвища. В некоторых говорах «кубить» означало «колдовать, ворожить» (от «кудесник»). Тогда Кубин — колдун, знахарь. Но это предположение держится на очень узкой диалектной почве.

В любом случае, фамилия Кубинов недворянская, крестьянская или мещанская по происхождению. В документах XVII–XIX веков она не фигурирует среди известных родов, что говорит о её позднем оформлении — скорее всего, уже после отмены крепостного права, когда фамилии массово закреплялись за бывшими крепостными. Наиболее вероятно, что первый носитель получил прозвище Кубин по месту прежнего жительства или по внешнему признаку, и это прозвище перешло в фамилию без изменений.