Фамилия Кубин в большинстве случаев образована от тюркского мужского имени Куба (или Кубай). Это имя было заимствовано русскими и украинцами достаточно давно, и на русской почве оно естественным образом получило патронимический суффикс -ин. Модель простая: Куба → сын Кубы → Кубин. Суффикс -ин в русских фамилиях указывает на принадлежность к отцу или главе семьи, поэтому ваш предок по мужской линии, скорее всего, носил имя Куба.

Менее вероятна, но тоже возможна версия, связывающая фамилию с прозвищем Куба. В этом случае его могли дать человеку за внешность: Кубой на Руси называли низкорослого, но широкоплечего, коренастого мужчину. Образ здесь — от глагола «кубить», то есть сгибать, гнуть, делать что-то округлым. Такое прозвище было бы точной характеристикой фигуры.

С точки зрения географии, фамилия Кубин не привязана к одной узкой области. Она встречается и в центральных русских регионах, и в Поволжье, где исторически было сильным татарское влияние, что подтверждает первую, «именную» версию происхождения. В украинских землях фамилия также фиксируется, но реже.

Интересная деталь: в русской ономастике фамилия Кубин стоит в одном ряду с такими же «короткими» фамилиями тюркского происхождения, как Кудашев, Булатов или Тимин. Все они образованы от личных имён без дополнительных суффиксов, кроме родового. Если сравнивать с однокоренными русскими фамилиями, то Куба — более редкая основа, чем, скажем, Кубиков или Кубарев, что как раз говорит о её возможном иноязычном корне.

Таким образом, если вы ищете корни фамилии Кубин, начинать стоит с имени Куба. Прозвищная версия — скорее исключение, чем правило, хотя полностью её исключать нельзя.