Скорее всего, фамилия Кубин восходит к татарскому мужскому имени Куба (Кубай), которое было заимствовано русскими и украинцами достаточно давно. Менее вероятно, что в основе фамилии Кубин лежит прозвище Куба, восходящее к глаголу «кубить», т.е. Например, Кубой могли прозвать низкорослого широкоплечего человека.