Фамилия Кубинская — женская форма фамилии Кубинский, и её происхождение не столь очевидно, как может показаться на первый взгляд. Самая распространённая версия связывает основу с тюркским мужским именем Куба (или Кубай). Это имя было хорошо знакомо русским и украинцам ещё в средневековый период, поэтому фамилия могла возникнуть как «сын (или дочь) Кубы» — то есть по отцу, которого так звали.

Менее вероятная, но тоже возможная версия отталкивается от прозвища Куба, образованного от глагола «кубить». В русских говорах этот глагол имел несколько значений: «гнуть», «мять», а также «горбиться» или «сутулиться». Соответственно, Кубой могли прозвать человека с характерной осанкой — низкорослого, широкоплечего, немного сутулого. Однако эта гипотеза уступает первой по убедительности: фамилии на -ский/-ская в массе своей образовывались либо от географических названий, либо от имён, а прозвищная модель для такого суффикса менее типична.

Суффикс -ск- указывает на то, что фамилия сформировалась в среде польской, украинской или белорусской шляхты, а позже закрепилась и у русских дворян и духовенства. В отличие от массовых крестьянских фамилий на -ов/-ев, Кубинская — фамилия статусная, и её носители в прошлом, скорее всего, принадлежали к служилому или землевладельческому сословию.

Окончательно сказать, где именно и когда появился род Кубинских, без глубоких генеаленических изысканий нельзя. Процесс формирования фамилий был долгим, и одна и та же фамилия в разных ветвях могла возникнуть независимо — от имени, от прозвища или от названия местечка вроде Кубин или Кубино (такие топонимы встречаются в Беларуси и на западе России).