Фамилия Кубинский — одна из тех, где сразу бросается в глаза суффикс -ск-, указывающий на географическое или топонимическое происхождение. В русской ономастике такие фамилии чаще всего получали дворяне по названию своих владений, а позднее — духовенство по месту службы или рождения. Однако с фамилией Кубинский не всё так однозначно: она могла возникнуть в нескольких разных регионах и у разных сословий.

Самая прямая версия — связь с топонимом Куба. Это может быть река Кубань (от неё образованы фамилии Кубанец, Кубанцев), но чаще под Кубинским подразумевают выходца из Кубы — не острова, а старинного села или деревни с таким названием. На карте России и Украины встречается несколько населённых пунктов Куба: например, село Куба в Кабардино-Балкарии или Куба в Беларуси (Брестская область). В польской и белорусской традиции фамилии на -ский особенно распространены среди шляхты, и Кубинский мог быть именно польским или западнорусским дворянским прозвищем по имению Кубин.

Вторая версия — отчество от прозвища Куба. В древнерусских говорах «куба» означало «коротышка», «невысокий человек» или «кубышка» — полный, круглый. В этом случае суффикс -ин- дал бы фамилию Кубин, а -ск- — скорее признак «владельческого» происхождения. Но есть и третий вариант: Кубинский мог быть семинарской фамилией, искусственно образованной от латинского cubus — «куб». В духовных училищах часто давали фамилии по геометрическим фигурам (Квадратов, Шаров, Кубинский), чтобы подчеркнуть отвлечённость и учёность.

Самый правдоподобный путь — географический. Фамилия Кубинский типична для западнорусских земель (Беларусь, Украина, Польша), где суффикс -ский был основным маркером фамилии шляхтича или крестьянина, получившего прозвище по месту жительства. Встречается она и у русских, но реже — чаще всего у потомков переселенцев из западных губерний. Сословная принадлежность могла быть разной: от мелкопоместного дворянина до однодворца, но в любом случае предок носителя фамилии был «кубинским» — то есть с Кубы.