Фамилия Кубынин образована от прозвища Кубыня. Толковых словарях слово «кубыня» описывают как «узкогорлую посудину с раздутыми боками» — глиняный кувшин, бутыль, флягу или дорожный сосуд для питья. Отсюда первая версия: основатель рода Кубыниных мог заниматься гончарным или бондарным делом, изготавливать такую посуду.

Но прозвище Кубыня могли дать и человеку по внешнему сходству — плотному коротышу или толстячку. В старину полнота не считалась недостатком, наоборот, воспринималась как признак здоровья и достатка, поэтому такие прозвища давали спокойно и они были популярны. В словаре С. Б. Веселовского зафиксированы родственные прозвища: Кубышка Василий (крестьянин, 1593 г., Арзамас) и Кубышкин Иван (крестьянин, 1634 г., Нижний Новгород).

Суффикс -ин в фамилии указывает на принадлежность: «чей?» — Кубынин, то есть сын или потомок Кубыни. Таким образом, фамилия закрепилась за человеком, которого в быту называли по прозвищу, и со временем передалась его потомкам.