Фамилия Кубынина образована от прозвища Кубыня — так в старину называли глиняный кувшин с узким горлом и раздутыми боками, а также дорожный сосуд для питья из дерева или кожи. Слово «кубыня» родственно «кубышке» — пузатой посудине, что сразу подсказывает, кем мог быть первый носитель прозвища. Скорее всего, основатель рода Кубыниных занимался гончарным или бондарным делом: делал кувшины, фляги, бутыли.

Но у прозвища есть и второе, переносное значение. Кубыней могли прозвать плотного, круглого человека — «коротыша-толстячка». В те времена полнота не считалась недостатком, наоборот, её связывали с достатком и здоровьем, поэтому такие прозвища давали без обидного оттенка. Какая из версий вернее — сказать трудно, но обе укладываются в логику народных имён: прозвище либо по ремеслу, либо по внешности.

В фамилии Кубынина работает стандартная для русской ономастики модель: суффикс -ин указывает на принадлежность («чей?» — Кубынин, то есть сын или потомок Кубыни). Такие фамилии типичны для северных и центральных областей России. В исторических записях встречаются родственные прозвища: у С. Б. Веселовского упомянуты Кубышка Василий (крестьянин, 1593 год, Арзамас) и Кубышкин Иван (крестьянин, 1634 год, Нижний Новгород). Это показывает, что корень «куб-» был в ходу на Волге и в Заволжье.

Сама фамилия Кубынина — женская форма, но в русской традиции она происходит от мужской фамилии Кубынин. Носительница этой фамилии — потомок того самого Кубыни, гончара или плотного крестьянина, жившего несколько веков назад.