Фамилия Кубынины — это родовое имя, которое пошло от личного прозвища Кубыня. Основа прозвища — слово «кубыня», которым в старину называли узкогорлый сосуд с раздутыми боками: глиняный кувшин, бутылку, флягу или кожаную дорожную посуду для питья. Отсюда первая версия: предок Кубыниных мог заниматься изготовлением такой посуды — быть гончаром или бондарем, делавшим дорожные фляги.

Однако есть и другое объяснение. Кубыня — это не только посуда, но и обидное, а скорее шутливое прозвище плотного, коренастого человека или толстячка. В старину к таким прозвищам относились спокойно: полнота считалась признаком здоровья и достатка, поэтому подобные имена давали часто и без злого умысла.

Словообразовательная модель фамилии проста: суффикс -ин указывает на принадлежность («чей?»), то есть Кубынин — это «сын Кубыни» или «потомок Кубыни». Это типичная патронимическая фамилия, каких много в русском ономастиконе.

В исторических документах встречаются родственные прозвища. В работе С. Веселовского упомянуты: Кубышка Василий, крестьянин 1593 года из Арзамаса, и Кубышкин Иван, крестьянин 1634 года из Нижнего Новгорода. Эти записи показывают, что прозвища от слова «кубышка» (уменьшительное от «кубыня») бытовали в Поволжье и центральной России уже в XVI–XVII веках. Скорее всего, фамилия Кубынины тоже сформировалась в этом регионе, хотя точное место и время назвать сложно — процесс становления фамилий у крестьян растянулся на столетия.

В отличие от более распространённых фамилий на -ов/-ев, фамилия Кубынин встречается реже, что делает её интересным памятником народной лексики и быта. В ней сохранилось забытое слово «кубыня», которое сегодня почти вышло из употребления.