Фамилия Кубынова — женская форма, а мужская, Кубынов, образована по продуктивной модели с суффиксом -ов. Это значит, что в основе фамилии лежит прозвище или имя, которое заканчивалось на твердый согласный: Кубын. Суффикс -ов указывает на принадлежность («чей?»), то есть Кубынов — сын или потомок Кубына.

С корнем «куб-» в русских фамилиях не всё однозначно. Самое прямое объяснение — прозвище Кубын от слова «куб» в значении «сосуд для перегонки, котёл» или «мера сыпучих тел». В старину кубом называли большой чан, в котором варили пиво, брагу или перегоняли смолу. Человек, который делал такие кубы, торговал ими или постоянно с ними работал (винокур, пивовар, смолокур), мог получить прозвище Кубын. Иногда так называли человека плотного, коренастого, «кубического» телосложения.

Менее вероятная, но возможная версия — связь с тюркскими языками. В некоторых тюркских наречиях «куба» означает «бледный», «светлый», «седой». Прозвище Кубын могло достаться человеку с очень светлыми волосами или сединой. Но эта гипотеза слабее: суффикс -ын нехарактерен для тюркских заимствований в русском быту, а фамилия Кубынов встречается в основном в центральных и северных регионах России, где тюркское влияние было минимальным.

В отличие от распространённых фамилий вроде Кузнецов или Иванов, Кубынов — редкая. Она не попала в массовые списки крестьянских и мещанских родов, а значит, её носители, скорее всего, происходили из одной локальной группы. География фамилии разрозненная: отдельные семьи Кубыновых фиксируются в Вологодской, Костромской и Нижегородской областях. Это подтверждает версию о прозвище, связанном с ремеслом: в лесных северных губерниях смолокурение и бондарное дело были обычным занятием.

Сравнение с однокоренными фамилиями — Кубасов, Кубарев, Кубаткин — показывает, что корень «куб-» в русской ономастике чаще всего отсылает к ремесленным или бытовым реалиям, а не к личным именам. Поэтому версия с прозвищем по занятию или внешности остаётся основной. Фамилия Кубынова — тихий след мастера, работавшего с кубом.