Фамилия Кубюк — редкий случай, когда основа слова не поддаётся однозначной славянской этимологии, и это делает её особенно интересной. В отличие от большинства русских фамилий на -ов или -ин, Кубюк не имеет патронимического суффикса и представляет собой застывшее прозвище или этноним. Скорее всего, перед нами тюркское или кавказское по происхождению слово, которое попало в русскую среду через межэтнические контакты.

Самая вероятная версия связывает фамилию с тюркским «кюбюк» или «кубюк» — так в некоторых тюркских языках называли небольшой кувшин, сосуд или даже бочонок. Прозвище Кубюк мог получить либо гончар, делавший такую посуду, либо полный человек, которого в насмешку сравнивали с бочонком. В пользу этой гипотезы говорит то, что подобные «предметные» прозвища — обычное дело для русской и тюркской ономастики, а фамилия без суффикса характерна для украинской или южнорусской традиции, где прозвища часто переходили в фамилии в чистом виде.

Менее распространённая, но тоже возможная версия — связь с карачаево-балкарским словом «кюбюк» в значении «пена» или «накипь». Такое прозвище могло относиться к человеку вспыльчивому, «кипучему» нравом. Однако эта гипотеза слабее, потому что переносное значение «пены» редко даёт устойчивые прозвища, в отличие от названий предметов быта.

Встречаемость фамилии крайне низкая. Основной ареал — южные регионы России (Краснодарский край, Ставрополье) и, возможно, Крым, где исторически сильны тюркские и крымскотатарские влияния. В некоторых случаях Кубюк может быть русифицированной формой крымскотатарской фамилии Кюбюк, что подтверждает её восточное происхождение.

Таким образом, носитель фамилии Кубюк, скорее всего, потомок человека, которого в XVI–XVIII веках прозвали за профессию или внешность «кувшином» или «бочонком». Фамилия обошлась без типичных русских окончаний и сохранила исходную форму прозвища — редкий случай, когда слово почти не изменилось за несколько столетий.