Скорее всего, фамилия Кубенко восходит к татарскому мужскому имени Куба (Кубай), которое было заимствовано русскими и украинцами достаточно давно. Менее вероятно, что в основе фамилии Кубенко лежит прозвище Куба, восходящее к глаголу «кубить», т.е. Например, Кубой могли прозвать низкорослого широкоплечего человека. Поэтому Кубенко буквально понималось как «сын Кубы».