Фамилия Кубчук — хороший пример того, как неочевидная на первый взгляд основа может указывать на чёткое географическое или этническое происхождение. В отличие от большинства русских фамилий на -ов/-ев или -ин, Кубчук несёт на себе явный отпечаток тюркских языков. Суффикс -чук в них — распространённый уменьшительный или ласкательный формант, аналог русского -ок/-ек. Следовательно, корень «куб-» — это основа прозвища или имени.

Самая вероятная версия связывает фамилию с тюркским словом «куб» (или «кюб») — «много», «обильно». В таком случае Кубчук могло означать «маленький богач», «сытый» или «обильный». Это типичная модель для прозвищ, которые давали не по внешности, а по достатку или удачливости. Менее распространённая, но тоже возможная гипотеза — происхождение от тюркского «куб» в значении «сосуд», «кувшин» (сравните с украинским «кубок»). Тогда Кубчук — «маленький кувшин» или, в переносном смысле, «коренастый, приземистый человек» (по ассоциации с формой сосуда). Третья, самая редкая версия — что фамилия образована от караимского или крымчакского имени Кубчук, которое фиксировалось в Крыму.

География фамилии подтверждает тюркскую версию. Кубчуки встречаются не в центральной России, а на южных и юго-восточных рубежах: в Ростовской области, Краснодарском крае, на Украине, а также в Молдавии. Это зона активных контактов славянского населения с татарами, ногайцами, турками и другими тюркскими народами. Скорее всего, предок носителя фамилии был либо выходцем из тюркской среды, получившим прозвище при переходе на русскую службу, либо русским, жившим в тесном соседстве с тюрками и перенявшим прозвище от них.

В русском языке фамилия склоняется как существительное второго склонения: Кубчук, Кубчука, Кубчуку. Ударение, судя по тюркской модели, падает на последний слог — Кубчу́к. Встречаются варианты написания с одной «б» (Кубук) или с окончанием -юк (Кубчюк), но основной вариант закрепился именно с буквосочетанием «чук», характерным для южнорусских и украинских фамилий тюркского корня.