Фамилия Кубайчук — характерный пример украинской модели фамилий на -чук, которая указывает на происхождение по отцу: «сын Кубая». Основа фамилии — старинное тюркское имя Кубай, которое пришло в украинскую и русскую среду через татарское влияние. Это имя, в свою очередь, образовано от слова «куба» («бледно-бурый») с добавлением повелительного аффикса -ай. Вероятно, первоначально имя Кубай давали детям со смуглой кожей, а сама фамилия Кубайчук буквально означает «потомок того, кого звали Кубаем».

Интересно, что это имя сохранилось в разных ветвях татар: у сибирских татар — в фамилии Кубаев, у украинских — в фамилии Кубайчук. Различие суффиксов (-ев против -чук) как раз и отражает разные традиции образования фамилий: русскую патронимическую модель и украинскую модель «по отцу». Таким образом, носитель фамилии Кубайчук, скорее всего, происходит из регионов, где пересекались тюркские и украинские культурные и языковые потоки — например, из степной или южной Украины, где издавна жили татарские общины.