Фамилия Кубли — редкий случай, когда географическая привязка оказывается важнее морфологии. В отличие от подавляющего большинства русских фамилий, она не заканчивается на -ов, -ин или -ский. Это указывает на её возможное нерусское происхождение или на очень позднюю фиксацию в документах, когда фамилии уже не переделывали под стандартные модели.

Скорее всего, основа фамилии — топоним. На карте есть несколько мест с похожими названиями: посёлок Кубли в Брасовском районе Брянской области, а также село Кубли в Тернопольской области Украины. Предок мог получить фамилию по месту, откуда он родом или где жил: «Кублинец» или просто «Кубли» — человек из Кублей. Такая модель образования (бессуффиксная, по названию села) встречается у украинских и белорусских фамилий, а также у фамилий польского происхождения.

Вторая версия, менее вероятная, но лингвистически возможная, — от прозвища. В южнорусских и украинских говорах «кубель» или «кубло» означало корзину, лукошко, а также гнездо или логово. Прозвище Кубло могли дать человеку неопрятному, живущему в беспорядке, либо, наоборот, мастеру, плетущему корзины. Фамилия Кубли могла закрепиться как форма множественного числа от такого прозвища, обозначая род или семью («Кубли» — «те, кто из рода Кубла»).

Суффикс -и в окончании характерен для фамилий украинского и польского ареала (сравните: Шевченко, Ковальчук — не склоняемые, но здесь форма множественного числа на -и: Кубли). В польском языке фамилия Kubla или Kuble встречается, и она могла быть полонизирована при переходе в русскую среду.

Поскольку фамилия не входит в списки дворянских родов и не упоминается в ранних боярских книгах, её носители, скорее всего, были крестьянами или мещанами. География бытования — Брянская, Курская, Смоленская области, а также Украина и Беларусь. Встречаемость крайне низкая, что делает фамилию локальным маркером: если вы Кубли, ваши корни почти наверняка ведут в один из небольших регионов на стыке России, Украины и Беларуси.