Фамилия Кубрина — женская форма фамилии Кубрин, а та, в свою очередь, образована от прозвища Кубра. В основе лежит диалектное слово «кубра». В новгородских говорах так называли шалуна, шутника и проказника. Соответственно, прозвище Кубра мог получить человек бойкого, озорного нрава — тот, кто любил повеселиться и подшутить над окружающими.

Слово «кубра» фиксируется и в других значениях, что добавляет вариантов для толкования. В некоторых областях «куброй» называли неуклюжего, нерасторопного человека — своего рода увальня. Есть и ещё одна версия, менее распространённая: в архангельских говорах «кубра» — это вид пирога. Если следовать этой логике, прозвище могло закрепиться за любителем сытно поесть или за тем, кто такие пироги пёк.

Модель образования фамилии стандартна для северных и центральных регионов России: суффикс -ин присоединялся к основам на -а/-я. Фамилия Кубрина (как и Кубрин) отвечает на вопрос «чей?» — то есть «сын Кубры» или «дочь Кубры». Со временем фамилия перестала указывать на родство и закрепилась как наследственное родовое имя.

Интересно, что фамилия Кубрин (и её женская форма) встречается нечасто. Она явно тяготеет к северо-западу России — Новгородской, Псковской, Вологодской областям, что подтверждает связь с новгородской диалектной лексикой. В других регионах, особенно южных, она почти не встречается, что делает её хорошим маркером возможного происхождения предков именно из этих мест.

Сравнение с однокоренными фамилиями — Кубряков, Кубарьков — показывает, что основа «кубр-» не была широко распространена в прозвищной традиции. Это говорит о том, что фамилия Кубрина возникла в локальной среде и, скорее всего, не имеет отношения к тюркским или иноязычным корням, несмотря на внешнее сходство со словом «кубрик» (корабельное помещение).