Фамилия Кудакаев образована от имени Кудакай. Это слово — уменьшительно-ласкательная форма от тюркского «куда», что значит «кум» или «сват». Аффикс -кай (или -гай) в тюркских именах распространён и придаёт основе ласковый, племенной оттенок. У башкир то же имя звучит как Кузакай. В этой версии носитель фамилии — потомок человека, которого в общине называли «куманек» или «сватушка», возможно, по роли в свадебном обряде или по свойству.

Есть и грузинская версия: грузинское «kudak» означает «дитя, ребенок», а также «служитель». Если имя пошло от этого корня, то Кудакаем могли назвать долгожданного ребёнка. Второе значение — «служитель» — намекает на возможную связь с храмом или жреческой должностью, хотя это предположение менее надёжно для русской фамилии.

Третья версия — от русского глагола «кудакать», то есть «болтать», «хныкать, плакать». Она маловероятна: фамилии на -аев обычно тюркского происхождения, и русские прозвища редко оформляются таким суффиксом. Но полностью исключать её нельзя — в народной среде человека могли прозвать «кудакой» за привычку капризничать или пустословить.

Таким образом, наиболее правдоподобно, что Кудакаевы — потомки тюркского предка по имени Кудакай. Ареал фамилии — Башкортостан, Татарстан, Оренбуржье; это типичная для этих мест патронимическая модель на -ев, приспособленная к русской грамматике.