Скорее всего, фамилия Кудакаев происходит от древнетюркско-татарского обрядового имени Кудакай, которое было образовано путем присоединения к слову «куда» («кум, сват») уменьшительно-ласкательного аффикса -кай. У башкир оно употребляется в форме Кузакай. Согласно другой версии, это имя восходит к грузинскому kudak, что значит «дитя, ребенок», а также «служитель». Вполне вероятно, что так могли прозвать долгожданного ребенка или жреца. Наконец, маловероятно, но не исключено, что в основе фамилии Кудакаев лежит русский глагол «кудакать» - «болтать», а также «хныкать, плакать».