Фамилия Кудакаев — один из примеров древних восточных фамилий, которые укоренились в русской среде. Её основа, скорее всего, восходит к тюркским корням, а точнее — к обрядовому имени Кудакай. Это имя образовали от слова «куда» (кум, сват), добавив к нему уменьшительно-ласкательный аффикс -кай. У башкир бытует схожая форма — Кузакай. Такие имена давали в XV–XVII веках выходцы из Золотой Орды, печенеги или половцы, поэтому фамилия несёт отпечаток той эпохи и подтверждается восточным именем родоначальника.

Есть и другие версии происхождения. По одной из них, имя Кудакай могло прийти из грузинского языка, где «kudak» означает «дитя, ребенок» или «служитель». Так могли прозвать долгожданного ребёнка или жреца. Менее правдоподобна, но не исключена связь с русским глаголом «кудакать» — болтать или хныкать, плакать. Однако эта гипотеза слабая, и её стоит упомянуть лишь для полноты картины.

Проникновению таких основ в русские фамилии способствовал исторический факт: многие дворяне в России были нерусскими по происхождению. Фамилия Кудакаев — не просто набор букв, а памятник восточной письменности и культуры, который сохранил имя предка.