Фамилия Кудакаев имеет очень интересную историю происхождения и относится к распространенному типу древнейших восточных фамилий, ведущих свое начало от тюркских носителей, а именно выходцев из Золотой Орды: или от печенегов, или от половцев. Соответственно, своими корнями фамилия Кудакаев уходит в XV-XVII вв. Сведения в родословной о восточном происхождении фамилии Кудакаев являются более или менее точными и подтверждаются соответствующими восточным именем ее родоначальника. Скорее всего, фамилия Кудакаев происходит от древнетюркско-татарского обрядового имени Кудакай, которое было образовано путем присоединения к слову «куда» («кум, сват») уменьшительно-ласкательного аффикса -кай. У башкир оно употребляется в форме Кузакай. Согласно другой версии, это имя восходит к грузинскому kudak, что значит «дитя, ребенок», а также «служитель». Вполне вероятно, что так могли прозвать долгожданного ребенка или жреца. Наконец, маловероятно, но не исключено, что в основе фамилии Кудакаев лежит русский глагол «кудакать» - «болтать», а также «хныкать, плакать». Проникновению инонациональных основ в состав русских фамилий, и в частности в состав фамилии Кудакаев способствовал тот исторический факт, что многие дворяне в России были по своему происхождению нерусскими. Тем не менее, фамилия Кудакаев представляет собой замечательный памятник восточной письменности и культуры.