Фамилия Кудакаева образована от мужского личного имени Кудакай, которое, скорее всего, имеет древнетюркско-татарские корни. Имя складывается из слова «куда» (в значении «кум, сват») и уменьшительно-ласкательного аффикса -кай, характерного для тюркской ономастики. У башкир этому имени соответствует форма Кузакай. Таким образом, Кудакай — не просто имя, а обрядовое прозвище, которое могли дать ребенку, родившемуся в семье после установления сватовства или в знак укрепления родственных связей между родами.

Существует и альтернативное объяснение, хотя оно уступает по правдоподобию тюркской версии. Слово «кудак» встречается в грузинском языке, где означает «дитя, ребенок», а также «служитель». В этом случае имя могло закрепиться за долгожданным младшим сыном или, напротив, за человеком, выполнявшим функции при храме. Однако географическая привязка фамилии Кудакаева к тюркским регионам (Башкортостан, Татарстан, Оренбуржье) делает тюркскую этимологию основной.

Третья версия — чисто русская, но маловероятная. Глагол «кудакать» в диалектах означает «болтать, пустословить» или «хныкать, плакать». Прозвище Кудака могло бы закрепиться за говорливым или капризным человеком, но в таком случае фамилия имела бы форму Кудакин или Кудаков, а не Кудакаев. Суффикс -аев указывает на тюркскую основу, а не на славянский глагол, поэтому эту гипотезу стоит рассматривать лишь как курьез.

Модель образования фамилии проста: к имени Кудакай добавили русский патронимический суффикс -ев (в фонетическом варианте -аев после твердого согласного). Изначально Кудакаев — это «сын Кудакая». Фамилия фиксируется преимущественно у башкир и татар, что подтверждает её восточное происхождение. Окончательно установить, когда и где именно появился род Кудакаевых, можно только через генеалогические изыскания, но лингвистический анализ уверенно относит её к пласту тюркских имен, адаптированных русской фамильной системой.