Фамилия Кудеников образована от имени или прозвища Куденик. В основе лежит неканоническое имя Куди́м, которое было распространено в древнерусской среде. Оно, в свою очередь, восходит к тюркскому «куд» — «счастье, судьба» или к прилагательному «кудый» — «злой, худой, нечистый». В русских говорах слово «куд» означало «злой дух, бес», поэтому имя Кудим могли давать как оберег: считалось, что злое имя отпугнет нечистую силу от ребенка.

Фамилия Кудеников — это вариант, возникший из формы Куденик (Кудима → Кудимко → Куденик). Суффикс -ик в древнерусских именах часто выступал как уменьшительно-ласкательный или просторечный (ср. Петрик, Ванек). Притяжательный суффикс -ов указывает на принадлежность: «сын Куденика». Таким образом, Кудеников — буквально «потомок Куденика».

Интересная деталь: написание фамилии через «е» (Кудеников, а не Кудиников) может говорить о диалектном произношении — «яканье» или «еканье» в северных и центральных говорах. На юге России и в украинских землях чаще встречалась бы форма Кудименко или Кудимов.

По сословной принадлежности Кудениковы — это, скорее всего, крестьяне или посадские люди. Фамилия не относится к дворянским, но могла встречаться среди однодворцев (особенно в Тульской, Рязанской, Воронежской губерниях). В переписных книгах XVII века можно найти Кудимок и Кудеников — например, в писцовых книгах по Рязанскому краю упоминаются крестьяне с таким именем. В современной России фамилия редкая, но встречается в центральных областях, а также в Сибири, куда переселялись крестьяне из центра.

Сравнение с однокоренными фамилиями: Кудимов, Кудинов, Кудин — все они восходят к тому же корню, но Кудеников выделяется своим суффиксом -ик, который указывает на более архаичную, уменьшительную форму имени. Это делает фамилию несколько более «старинной» по звучанию.