Фамилия Куденяко образована по украинской модели с суффиксом -енко, который указывает на происхождение по отцу: Куденя — сын Кудени. Такие фамилии массово складывались в Поднепровье и Левобережной Украине в XVI–XVII веках и закрепились как наследственные у казаков, мещан и крестьян.

Основа фамилии — прозвище Куденя. Его выводят от древнерусского имени Кудеяр (или Кудяр), которое имело тюркские корни и означало «страшный, могучий богатырь». В народной памяти это имя связано с разбойником Кудеяром из русских легенд, но в реальной ономастике оно фиксируется как нецерковное личное имя. Менее вероятная версия — связь с диалектным «кудлатый» (лохматый), где Куденя могло быть прозвищем человека с кудрявыми или спутанными волосами. Однако имя Кудеяр встречается в письменных источниках чаще, чем прозвище от «кудри», поэтому первая версия правдоподобнее.

Фамилия Куденяко географически привязана к центральной и восточной Украине. В метрических книгах XIX века она встречается в Полтавской, Черниговской и Харьковской губерниях. В России носители фамилии расселились в ходе переселений на Кубань и в Сибирь, но сохранили исходное украинское окончание, которое не склоняется по падежам.

Интересная деталь: в отличие от фамилий на -енко с прозрачной основой (например, Бондаренко от «бондарь»), Куденяко отсылает к личному имени, которое вышло из обихода ещё в XVIII веке. Это редкий случай, когда фамилия сохранила память о дохристианском или полулегендарном имени, которое почти не встречается в современных именословах.