Фамилия Кудисов ведет происхождение от прозвища Кудис, которое имеет украинские корни. В его основе лежит вопросительное местоимение «кудись» — «куда-то», «куда-нибудь». Такое прозвище могли дать страннику или бродяге, человеку, который постоянно переезжал с места на место. В украинской среде это слово могло звучать и как характеристика нерешительного, неопределенного человека, который в ответ на любой вопрос пожимал плечами: «кудись».

Однако есть и другая, бытовая версия. Прозвище Кудис могло закрепиться за тем, кто слишком часто вставлял в речь слово «кудись» — как «того», «ну» или «значит». В народе такие речевые привычки быстро становились прозвищами.

Фамилия образована по стандартной восточнославянской модели с суффиксом -ов, который указывает на принадлежность: «чей?» — Кудисов, то есть сын или потомок Кудиса. В украинской ономастике подобные фамилии на -ов встречаются реже, чем в русской, что делает Кудисова скорее носителем обрусевшей формы исходного прозвища. Встречается фамилия преимущественно в южных и центральных регионах России, а также на востоке Украины — там, где исторически пересекались русское и украинское население.