Фамилия Кудряфцев — редкий случай, когда написание расходится с ожидаемым. На слух она почти неотличима от распространённой фамилии Кудрявцев, но на письме в корне стоит не «в», а «ф». Ошибка ли это, диалектное произношение или сознательная фиксация? Скорее всего, перед нами вариант, возникший из-за акающего говора и оглушения согласного: в некоторых русских говорах «в» перед глухими звуками переходило в «ф», и писарь мог записать фамилию так, как слышал — «Кудряфцев» вместо «Кудрявцев». Такие «фонетические» фамилии встречаются, хотя и нечасто.

Основа та же, что и у Кудрявцева: прозвище Кудрявец (или прилагательное «кудрявый») давали человеку с вьющимися, кудрявыми волосами. Суффикс -ев- указывает на принадлежность: Кудрявцев буквально значит «сын Кудрявца». В случае с Кудряфцевым модель образования та же, но с искажением корня. Фамилия эта — не отдельный ономастический тип, а графический дублет, который мог закрепиться в конкретной семье из-за ошибки переписчика или местной манеры произношения.

Географически такие варианты чаще встречались в северных и центральных губерниях России, где «оканье» соседствовало с сильным оглушением. Однако массовых статистических данных по фамилии Кудряфцев нет — она намного реже, чем Кудрявцев. В дореволюционных метрических книгах её можно встретить спорадически, как единичный случай среди крестьян или мещан.

Социального статуса у фамилии нет: и Кудрявцевы, и их «аффрикатный» вариант Кудряфцевы — это бывшие крепостные или государственные крестьяне, получившие фамилию по внешнему признаку предка. Никакого особого сословного оттенка написание с «ф» не несёт, хотя для современного носителя это может быть поводом для путаницы в документах.