Фамилия Куканего — редкая, с неочевидной на первый взгляд структурой. В ней нет привычных русских фамильных суффиксов вроде -ов, -ин или -ский, что сразу указывает на нерусское происхождение. Скорее всего, перед нами русифицированная форма фамилии, принесённой из другого языка, или фамилия, образованная по редкой местной модели.

Основная версия связывает Куканего с тюркскими или кавказскими корнями. Разобрать фамилию можно как «Кука» + «него». «Кука» — распространённое прозвище или уменьшительное имя у многих народов (например, у осетин, чеченцев, ингушей, а также у тюрков). Оно могло означать «синий», «голубой» (кук — цвет) или быть производным от слова «кука» в значении «кукла», «малыш», «детёныш». Второй элемент «него» — это, вероятно, искажённый притяжательный суффикс или часть родового окончания (-н-его, -н-ег). В таком случае фамилия Куканего могла означать «принадлежащий Куке», «из рода Куки».

Менее вероятная, но возможная версия — происхождение от украинского или белорусского прозвища «Куканя» (от глагола «кукать» — куковать, тосковать, или от детского слова «кука» — боль, страдание) с добавлением суффиска -его, который встречается в некоторых западнославянских фамилиях (типа Ткачего, Рудого). Однако для украинской ономастики такое окончание нехарактерно.

Географически фамилия Куканего крайне редка. В современных базах данных она единично встречается на юге России, в Краснодарском крае и Ставрополье — регионах с высокой долей тюркского и кавказского населения. Это косвенно подтверждает первую, «восточную» версию. Предки носителя фамилии могли быть выходцами из горских народов Кавказа (осетины, балкарцы) или из тюркских народов (ногайцы, кумыки), чьи фамилии при переписях и паспортизации адаптировали на русский лад.

Сравните с однокоренными фамилиями: Кукаев, Куканов, Кукарин — все они восходят к тому же корню «кук-» и распространены в тех же регионах. Куканего стоит в этом ряду особняком, сохранив более архаичную или диалектную форму. Это не ошибка переписчика, а скорее фиксация исходного звучания фамилии без переделки под стандартные русские окончания.