Фамилия Кухтеев — редкий случай, когда за основу взято не имя, не профессия и не внешность, а, скорее всего, звукоподражательное прозвище. В её основе лежит глагол «кухтать», который в разных русских говорах означал «кашлять», «кряхтеть» или «издавать глухой звук». Человек, которого прозвали Кухтей, мог иметь привычку покашливать, говорить хрипловато или даже просто тяжело дышать — в быту такие характерные особенности быстро становились уличным прозвищем.

Словообразовательная модель здесь прозрачна и типична для русских фамилий: прозвище Кухтей плюс патронимический суффикс -ев, указывающий на принадлежность («чей?» — Кухтеев, то есть сын Кухтея). Суффикс -ей в прозвище нередко придавал оттенок носителя признака (сравните: сопеть — соплей, храпеть — храпей). Таким образом, Кухтей — это «тот, кто кухтает».

В ономастике эта фамилия не слишком распространена и имеет отчётливую географическую привязку. По данным переписей XIX — начала XX века, основное гнездо Кухтеевых находилось в центральных и северных губерниях России — в Вятской, Костромской, Ярославской. Это те регионы, где диалектный глагол «кухтать» был в ходу. В южных говорах он встречается реже, поэтому и фамилия там почти не фиксируется.

Интересно, что у фамилии есть двойник — Кухтин, образованный по той же модели, но с суффиксом -ин (от основы на -а: Кухтя). Обе фамилии однокоренные и, скорее всего, разошлись в написании из-за местных особенностей произношения или случайной описки в документах. Версия о связи с тюркским словом «кухта» (сухой, засохший) маловероятна — во-первых, такого слова в тюркских языках нет, во-вторых, ареал фамилии чисто русский, а не татарский или башкирский.

Дворянского происхождения у Кухтеевых не было — это фамилия крестьянская и мещанская. Предки носителя фамилии, скорее всего, были свободными землепашцами или ремесленниками, а прозвище получили за кашель или глуховатый голос. Никаких знаменитых однофамильцев в истории не зафиксировано, что типично для редких фамилий, не попавших в элиту.