Фамилия Кухтерёва образована от прозвища Кухтерь, и её происхождение связано с несколькими версиями, каждая из которых открывает разные грани жизни предков. Самая вероятная основа — диалектный глагол «кухтаться», который в новгородских говорах означал «кутаться». Прозвище Кухтерь могли дать человеку, который всегда одевался очень тепло, запасался лишней одеждой — эта бытовая примета легко закреплялась за человеком в деревенской среде. Однако есть и другая, профессиональная линия: слово «кухтарь» в русских говорах обозначало посох, с которым охотники ходят на лыжах. В таком случае Кухтерь — не просто прозвище, а указание на род занятий: либо сам предок был охотником, либо мастером, делавшим такие посохи. Третья версия отсылает к сибирскому слову «кухта» — иней на деревьях. Это более редкая и менее убедительная гипотеза, но она возможна как образное прозвище по внешнему сходству, например, седого или очень бледного человека.

Словообразовательная модель фамилии простая: суффикс -ев указывает на принадлежность («чей?»), то есть Кухтерёв — потомок Кухтеря. Ударение в фамилии падает на последний слог, что характерно для многих фамилий на -ёв. В написании встречается вариант Кухтерев, но форма с буквой «ё» исторически точнее передаёт произношение и происхождение. Географически фамилия тяготеет к северо-западу России: новгородские корни глагола «кухтаться» и охотничий «кухтарь» указывают на регионы, где охота и суровый климат были частью повседневного быта. Среди однокоренных фамилий — Кухта, Кухтин, Кухтеев, но Кухтерёв выделяется именно суффиксом -ерь, который встречается в прозвищах нечасто и придаёт фамилии особый, «ремесленный» или «характерологический» оттенок.