Фамилия Кукиневский — редкий пример, когда географическая привязка напрашивается, но неочевидна. На слух она звучит как типичная «дворянская» фамилия на -ский, которую в XIX веке часто давали выпускникам духовных семинарий или формировали от названий имений. Однако в случае Кукиневского всё сложнее: в списках польской и русской шляхты, а также в реестрах дворянских родов эта фамилия не встречается. Значит, её корень — не в названии поместья, а в более простом источнике.

Основа фамилии — «Кукиня» или «Кукинь». Это могло быть прозвище, образованное от диалектного слова. В южнорусских и украинских говорах «кукиш» (фига) называли «кукинь», «кука» или «дуля». Человек по прозвищу Кукиня мог получить его за насмешливый характер, за привычку показывать кукиш в споре или просто как шутливое внутрисемейное имя. Суффикс -евск- (с фонетическим переходом «н» в «н'» перед -евск-) указывает на то, что фамилию образовали по модели «чей?» — «Кукиневский» означало «сын Кукини» или «родом от Кукини». Такая модель типична для украинской и белорусской ономастики, где -евский часто заменяло русское -ов.

Другая, менее вероятная версия — связь с названием населённого пункта. На карте есть несколько хуторов и урочищ с корнем «Кукин» (например, Кукино), но форма Кукиневский предполагает исходное «Кукинево» или «Кукинь». Таких топонимов в Центральной России и на Украине не зафиксировано. Скорее всего, это искусственная фамилия, созданная в духовной среде. В семинариях любили «облагораживать» неблагозвучные прозвища, прибавляя к ним -ский. Так Кукиня мог превратиться в Кукиневского — звучит солиднее, чем Кукин или Кукишов.

Носители фамилии встречаются преимущественно на западе России, в Брянской и Смоленской областях, а также на востоке Беларуси. Это подтверждает версию о прозвищном происхождении: именно в этих краях «кукиш» часто называли «кукинем». Сословно предки Кукиневских, скорее всего, были крестьянами или мещанами, а фамилию получили уже после отмены крепостного права, когда бывшим крепостным массово давали фамилии по прозвищам. Дворянской ветви у этой фамилии нет.