Фамилия Кукша — одна из тех, где прозвище полностью перешло в наследственное имя, не обрастая типичными суффиксами -ов или -ин. С точки зрения словообразования это так называемая «неоформленная» фамилия, то есть застывшая в форме имени или прозвища. Такие фамилии чаще встречались на Украине и в южных регионах России, хотя встречаются повсеместно.

Основа фамилии — слово «кукша». У него два основных значения, и оба могли дать прозвище. Первое — птица семейства врановых, обитающая в тайге. В народе кукшу иногда называют «ронжей»; это лесная, не слишком яркая, но заметная птица. Прозвище Кукша могли дать человеку за сходство с ней: возможно, за серую, невзрачную внешность, за крикливый голос или за манеру держаться. Второе значение — диалектное, северное: «кукша» означает деревянный ковш, черпак. В этом случае прозвище мог получить мастер, делавший такую утварь, или просто человек, которого за что-то сравнили с ковшом (например, за полноту или за привычку много пить).

Есть и третья версия, менее бытовая, но более древняя. В дохристианской ономастике имя Кукша (как и Сова, Утка) относилось к «птичьим» личным именам. Такие имена давали для защиты от злых духов или по языческим традициям. Известен, например, священномученик Кукша — один из первых просветителей вятичей, живший в XII веке. Но вряд ли фамилия напрямую связана с ним: скорее, имя святого лишь закрепило уже существовавшую традицию называть так людей.

Географически фамилия Кукша разбросана, но чаще всего её носители встречаются на Украине (особенно в Черниговской и Сумской областях), в Беларуси и в центральных областях России. Встречаются и варианты с суффиксами: Кукшин, Кукшев, Кукшов — они уже указывают на принадлежность («чей сын?»). Сама же форма Кукша без окончания — более архаичная и прямая.

Таким образом, предки современных Кукшей — скорее всего, люди, получившие прозвище по птице, по ремеслу или по древнему языческому имени. Сословное происхождение определить сложно: фамилия могла возникнуть и в крестьянской среде, и среди казачества.