Фамилия Кукуся — редкий случай, когда модель образования неочевидна, а корень вызывает вопросы. В отличие от большинства русских фамилий, она не заканчивается на -ов/-ев, -ин или -ский, что сразу указывает на её нетипичное происхождение. Скорее всего, перед нами украинская, белорусская или южнорусская фамилия, оформленная суффиксом -уся, который характерен для прозвищ и ласкательных форм. В славянской ономастике суффикс -уся часто добавляли к личным именам или прозвищам: скажем, Кузьма мог превратиться в Кузю, а от него — в Кукусю. Но здесь основа «кук-» ведёт нас к другому.

Самая вероятная версия — происхождение от прозвища Кукуша или Кукусь, которое давали человеку с каким-то «кукушечьим» признаком. В народе кукушку связывали с одиночеством, тоской или, наоборот, с болтливостью. Прозвище могло закрепиться за тем, кто часто куковал (издавал звук), либо за одиноким, нелюдимым человеком. В украинских говорах слово «кукуся» встречается как ласковое обращение к ребёнку или к женщине, вроде «куколки» или «голубки» — отсюда возможна вторая линия: фамилия могла возникнуть из семейного, уменьшительного прозвища, которое затем стало официальным.

География фамилии Кукуся сегодня размыта, но по косвенным данным её носители чаще встречаются на западе России и в Беларуси. В некоторых переписях XIX века фамилия фиксировалась среди крестьян Витебской и Могилёвской губерний. Учитывая, что фамилии на -уся не характерны для великорусского ареала, можно предположить, что предки Кукусей были выходцами из белорусских или украинских земель.

Спорных версий здесь немного, и все они слабы. Например, связывать фамилию с тюркским корнем «кукуш» (птица) не имеет смысла: у тюркских народов суффикс -уся не встречается. Также маловероятно, что фамилия произошла от имени Кукша (древнерусское имя) — между «Кукша» и «Кукуся» нет прямой словообразовательной цепочки. Единственный реалистичный путь: прозвище Кукуша или Кукусь, которое в быту превратилось в Кукуся, а потом закрепилось как фамилия.

Таким образом, носитель фамилии Кукуся может считать, что его предок либо получил прозвище по птице или по поведению, либо был обладателем ласкового семейного имени. Точных данных о дворянском или купеческом происхождении нет — фамилия остаётся крестьянской по корням, что не делает её менее интересной для изучения.