Фамилия Кукузкин — редкий случай, когда прозвище, скорее всего, образовано от глагола, а не от имени или профессии. Если отбросить суффикс -ин, указывающий на принадлежность («чей?» — Кукузкин), остаётся основа «кукузк-». Самое прямое объяснение лежит в диалектном глаголе «кукуздать» или «кукузнуть» — ударить, стукнуть, а также, в некоторых говорах, клюнуть. Человек, получивший такое прозвище, мог быть задирой, драчуном или, наоборот, тем, кто работает резко и отрывисто — например, кузнецом или плотником, чья работа сопровождалась стуком.

Менее вероятная, но возможная версия связывает фамилию с диалектным словом «кукузка» — так в некоторых областях называли кукушку или, реже, небольшую птицу с характерным криком. В этом случае прозвище могло закрепиться за говорливым или беспокойным человеком. Однако фонетика говорит против этой гипотезы: суффикс -к- в основе «кукузк-» типичен для отглагольных образований (ср. «визжать» — «визг» — «визгун»), а не для названий птиц, которые обычно дают основу без этого суффикса («Кукушкин»).

Обратите внимание на суффикс -ин, а не более распространённый -ов. Это указывает на то, что фамилия могла возникнуть в северных и центральных русских землях, где патронимический суффикс -ин был нормой. Также суффикс -ин часто образовывался от прозвищ, оканчивающихся на согласный, что подтверждает версию с глагольной основой. Сословного барьера у фамилии не было: Кукузкины могли быть крестьянами, ремесленниками или мещанами — точных данных о дворянском роде с такой фамилией нет. Встречается она нечасто, в основном в документах XIX века из Вятской и Пермской губерний, что косвенно подтверждает северное происхождение.