Фамилия Кулишенкова — женская форма фамилии Кулишенков, и её происхождение напрямую связано с прозвищем или именем, которое носил основатель рода. В основе лежит слово «кулиш» или «кулеш» — так в южнорусских и украинских говорах называли жидкую кашу, похлёбку из пшена с салом или маслом. Это блюдо было повседневной пищей крестьян и бедных казаков, поэтому прозвище Кулиш (или Кулеш) могли дать человеку, который любил эту кашу, часто её готовил или, напротив, был настолько беден, что питался только ею. В некоторых случаях прозвище могло относиться к торговцу кулешом на ярмарке или к повару, кормившему артель.

Словообразовательная модель здесь нестандартная. Вместо привычных суффиксов -ов или -ин мы видим суффикс -енк(ов). Формант -енко характерен для украинской и южнорусской ономастики: он указывает на потомка (буквально «маленький», «сын»). В фамилии Кулишенков этот суффикс прирастил к себе ещё и типично русский -ов, что встречается в тех случаях, когда фамилию адаптировали под северные говоры или при переезде в центральные губернии. Таким образом, Кулишенков — это «сын Кулишенка», где Кулишенок — уменьшительная форма от того же Кулиша. То есть полная цепочка: прозвище Кулиш → его сын, которого в семье звали Кулишенок (как бы «маленький Кулиш») → внук получил фамилию Кулишенков.

Географически фамилия тяготеет к зоне бывшего Слобожанщины и южным областям России: Курской, Воронежской, Белгородской, а также к Ростовской области. В этих краях слово «кулиш» было в ходу, и прозвища на -енко закреплялись особенно часто. Встречаются и параллельные формы — Кулишев, Кулешов, Кулишенко (без наращения -ов). Фамилия Кулишенкова, таким образом, — редкий пример двойной суффиксации, который выдает в предках выходца из малороссийской среды, обрусевшего или переселившегося в великорусские земли.