Фамилия Кулишева образована от мужской формы Кулишев, а та, в свою очередь, — от прозвища Кулиш. Основа здесь — слово «кулиш» (или «кулеш»), которое в южнорусских и украинских говорах обозначает жидкую кашу, похлёбку, чаще всего из пшена с салом и луком. Это блюдо было повседневной, простой пищей, поэтому прозвище Кулиш могли дать либо любителю такой еды, либо, что вероятнее, человеку, который её готовил — повару или кашевару. В казачьей среде, особенно запорожской и донской, кулеш был основным походным блюдом, так что фамилия могла возникнуть именно в военной или вольной среде.

Суффикс -ев указывает на принадлежность: Кулишев — сын Кулиша. Это классическая русская патронимическая модель, самая распространённая. Менее вероятная версия связывает фамилию с тюркским словом «кулиш» (ухо), но она лишена бытовой убедительности: прозвища по частям тела встречаются, но на фоне распространённости блюда «кулеш» версия с похлёбкой выглядит основной.

Интересно, что фамилия Кулишев (и её женская форма Кулишева) редка для северных и центральных областей России, но заметно чаще встречается на юге — в Воронежской, Ростовской областях, в Краснодарском крае, а также на Украине. Это прямо указывает на географию происхождения: предки носителя фамилии, скорее всего, жили в зоне влияния украинской кухни и диалекта, где «кулиш» — слово обыденное.

Фамилия не имеет отношения к дворянским родам или церковным именам, она чисто бытовая, прозвищная. В документах XVII–XVIII веков можно найти казаков с таким прозванием, что подтверждает народное, а не книжное происхождение.