Фамилия Кулындина, скорее всего, образована от прозвища или имени Кулында, а её основа восходит к тюркскому слову «кулун» — жеребёнок. В русских говорах это слово могло закрепиться как личное имя или прозвище, которое давали человеку по какому-то внешнему или поведенческому сходству с молодым жеребцом — например, резвому, непоседливому или долговязому. В пользу тюркского корня говорит и то, что фамилия с таким окончанием (-ин) встречается в регионах, где исторически был активен контакт с тюркскими народами: в Поволжье, на Урале, в южнорусских степях.

Суффикс -ин указывает на модель образования от существительных на -а, -я: Кулында → сын Кулынды → Кулындин. Женская форма Кулындина возникла как вариант по мужской линии (жена или дочь Кулындина). В русской ономастике это типичная «патронимическая» фамилия, но с редкой основой: в отличие от частых Конев, Жеребцовых, фамилия Кулындин/Кулындина встречается нечасто и не попала в крупные справочники массовых фамилий.

Вторая версия, менее вероятная, связывает фамилию с диалектным словом «кулында» — так в некоторых говорах называли неуклюжего, неповоротливого человека. Однако эта гипотеза слаба, так как «кулында» в значении «увалень» фиксируется редко и не имеет широкого распространения. Правдоподобнее всё же связь с «кулун»: в тюркских языках это слово дало множество личных имён (Кулун, Кулунбек), и фамилия Кулындин/Кулындина органично вписывается в ряд таких же образований, как Татарин, Башкирцев, Чувашов.

Географически фамилия тяготеет к югу и юго-востоку России. В архивных записях XIX века Кулындины встречаются среди крестьян и мещан Саратовской, Самарской, Оренбургской губерний. Сословно это, скорее всего, бывшие государственные крестьяне, у которых фамилии закрепились относительно поздно — во второй половине XVIII — начале XIX века, когда проводились массовые переписи. В отличие от дворянских фамилий, Кулындина не имеет «книжной» истории и не связана с известными родами, а потому её значение — в прямом отражении прозвища предка, которое когда-то дали ему за характер или внешность.