Фамилия Кунабаев — яркий пример того, как тюркское наследие закрепилось в русской ономастике. Она образована по стандартной для тюркских языков модели: к основе «Кунабай» добавили русский патронимический суффикс -ев, который указывает на принадлежность («чей?» — «сын Кунабая»). Само имя Кунабай составное: первая часть «кун» (день, солнце) или «куна» (гость), а вторая — «бай» (богатый, господин, хозяин). Таким образом, Кунабай могло означать «богатый гость», «солнечный хозяин» или «тот, кто богат днями» — то есть уважаемый, зажиточный человек.

Фамилия стоит в одном ряду с другими известными фамилиями восточного происхождения, которые стали привычными в русской среде. Достаточно вспомнить Тургенева (от тюркского «турген» — быстрый), Аксакова (от «аксак» — хромой) или Булгакова (от «булгак» — беспокойный). Как и в этих случаях, фамилия Кунабаев — не случайное прозвище, а закреплённое имя родоначальника, которое передавало его личную характеристику или социальный статус.

География фамилии сегодня связана преимущественно с Казахстаном и прилегающими регионами России, где сильно тюркское влияние. Однако процесс формирования фамилии мог быть длительным и не всегда привязан к одной местности. Поэтому окончательно говорить о точном времени и месте её появления можно лишь на основании серьёзных генеалогических изысканий. Но как памятник восточной культуры и семейной истории она уже представляет ценность: передаваясь из поколения в поколение, фамилия по сей день хранит память о своём происхождении.