Фамилия Кунаккузин — редкий пример сложения двух тюркских корней, где каждый элемент самодостаточен и мог бы образовать отдельную фамилию. Основа «кунак» (варианты: кунак, конак) в тюркских языках означает «гость». Второй корень — «кузы» (или «козы») — это «барашек», «ягненок», но в переносном смысле так могли называть ласкового, кроткого человека или, наоборот, молодого, неопытного парня. Соединившись, эти части дают значение «гостевой ягненок» или, что вероятнее, «гость-ягненок» — прозвище, данное либо приезжему, который держался тихо и безропотно, либо человеку, который пришел в дом как дорогой, но беззащитный гость.

Модель образования указывает на башкирское или татарское происхождение. Суффикс -ин в фамилии Кунаккузин — это русский патронимический суффикс, который присоединялся к тюркским именам и прозвищам при русификации. В исходном виде фамилия звучала как Кунаккузы, а русская канцелярия добавила окончание, сделав ее похожей на фамилии вроде Кузьмин или Ильин. Без суффикса она сохранилась бы в форме Кунаккузов, но вариант на -ин здесь неслучаен: он указывает на то, что основа оканчивалась на мягкий или шипящий звук (в данном случае на «зы»).

Географически фамилия привязана к южному Уралу и Предуралью — территориям расселения башкир и западных татар. Встречается она редко, что говорит о локальном происхождении: скорее всего, прозвище Кунаккузы дали одному человеку в конкретной деревне, а его потомки разнесли фамилию по окрестностям. Если бы фамилия была массовой, она бы прошла через стандартную унификацию, но сохранившаяся форма с двумя корнями выдает ее «штучный» характер.

В отличие от более распространенных татарских фамилий на -ов (Кунаков, Кунакбаев), Кунаккузин содержит редкий для русского уха повтор «ку» и двойной корень. Ономастический словарь Б. Унбегауна не фиксирует эту фамилию, что подтверждает ее локальный статус. По сути, это не столько фамилия в привычном смысле, сколько застывшее прозвище, которое описывает не род занятий, а конкретную ситуацию или черту характера предка: его могли так назвать за гостевой этикет или за внешнее сходство с ягненком.