Фамилия Кунакунов — отличный пример того, как за привычным русским окончанием на -ов может скрываться совсем не русская основа. В данном случае корень ведёт в тюркские языки, точнее — к слову «кунак» (или «конак»), что означает «гость». В башкирском, татарском, казахском и других тюркских языках это слово живёт до сих пор: кунак — гость, кунаксы — гостеприимный человек. Фамилия Кунакунов, скорее всего, образована от прозвища Кунак или имени Кунак, которое давали либо желанному, долгожданному ребёнку (как «посланный Богом гость»), либо человеку, славившемуся хлебосольством.

Модель образования стандартная для фамилий тюркского происхождения на территории России: к основе Кунак добавили русский патронимический суффикс -ун (сравните: Кунак → Кунакун, то есть «сын Кунака»), а затем фамильный суффикс -ов. Получается цепочка: Кунак → Кунакун («потомок Кунака») → Кунакунов. Встречается и вариант без наращения: фамилия Кунаков (от той же основы), но Кунакунов — более редкая и, возможно, более старая по форме.

Географически фамилия тяготеет к регионам смешанного русско-тюркского населения: Башкортостан, Татарстан, Оренбургская и Челябинская области. Встречается и у башкир, и у татар, и у русских, чьи предки жили по соседству. Сословно предки Кунакуновых могли быть как крестьянами, так и служилыми людьми — например, толмачами или казаками, которые контактировали с тюркским населением и получали от них прозвища.

Споров вокруг этимологии почти нет: версия с «гостем» — основная и бесспорная. Есть лишь оттенок: в некоторых тюркских языках «кунак» могло означать не просто гостя, а путника, остановившегося на ночлег, или даже «шатёр», «место для ночлега». Но прозвищное значение — «гостеприимный человек» — остаётся самым вероятным.