Фамилия Кунчукин в своей основе имеет два равновероятных объяснения, и оба ведут в тюркский мир. Первый вариант — прозвищный, по месту жительства. В Омской области существует населённый пункт Кунчук. Выходца оттуда могли прозвать Кунчуком, а его потомки уже получили фамилию Кунчукины. Такая модель образования фамилий от названий деревень и сёл — одна из самых распространённых в русской ономастике, особенно в Сибири и на Урале, где фамилии часто фиксировали географическое происхождение переселенца.

Вторая версия более древняя и связана с личным именем. Кунчук — это фонетический вариант тюркского имени Кончук. На древнетюркском оно означает «жеребёнок». Имя с таким значением давали не случайно: в традиционных культурах считалось, что, называя ребёнка детёнышем животного, родители «обманывают» злых духов или, наоборот, призывают к младенцу качества этого существа — резвость, силу, выносливость. Имя как бы делало ребёнка «своим» для природы, защищая его.

Фамилия образована по русской модели с суффиксом -ин, который указывает на принадлежность: «чей?» — Кунчукин, то есть сын или потомок Кунчука. Суффикс -ин характерен для фамилий, основа которых оканчивается на -а или -я, и в данном случае он прикрепился к основе, звучащей как «Кунчук-». С точки зрения морфологии фамилия прозрачна и не имеет редких или спорных окончаний.

Географически фамилия Кунчукин тяготеет к регионам, где исторически происходило смешение русского и тюркского населения: Поволжье, Урал, Сибирь. Именно в этих местах фамилии, восходящие к тюркским именам или топонимам, встречаются особенно часто. Однако однозначно определить, какая из двух версий верна для конкретного рода Кунчукиных, невозможно без генеалогического исследования: если предки жили в Омской области — скорее всего, верна топонимическая; если же род происходит из татарской или башкирской среды — имя-прозвище выглядит более убедительным.