Фамилия Куничихин — редкий пример «материнской» фамилии, образованной через женское имя или прозвище. Её основа — слово «Куничиха», которое в русской традиции означало «жена Кунички» или «женщина по прозвищу Куница». Суффикс -их- типичен для северных и сибирских говоров: такие фамилии (Куничихин, Кузнечихин, Тетерихин) указывали на принадлежность к хозяйке дома, а не к отцу. В переписях XVII–XVIII веков крестьян часто записывали по имени матери или жены, особенно если мужчина был в бегах, умер или служил в солдатах.

Прозвище «Куница» могло возникнуть по-разному. Самый прямой путь — от названия зверька: куницу ценили за мех, и такое прозвище давали ловкому, хитрому или удачливому человеку, а иногда — торговцу пушниной. Второй вариант — уменьшительное от канонического имени Кир (греч. «господин»), которое в народной форме звучало как Кирилл, но в быту превращалось в Куня, Куничка. В этом случае Куничиха — «жена Куни», то есть жена человека с уменьшительным именем от Кирилла или даже Константина.

Географически фамилия тяготеет к северу России: Вологодская, Архангельская области, а также Вятка (Кировская область). Именно в этих регионах «иха»-фамилии были особенно распространены среди крестьян и нередко закреплялись за целыми деревнями. В XIX веке Куничихины встречаются в метрических книгах как государственные крестьяне, реже — мещане.

Интересная деталь: фамилия могла писаться через «а» — Куначихин, если в основе лежало прозвище Кунак (от тюркского «кунак» — гость, друг). Но это спорная версия: для русской ономастики характернее связь с куницей или с именем Куня. Словарь русских фамилий Б. Унбегауна прямо относит такие образования к «матронимическим» — по имени матери, что делает Куничихина не просто наследником ремесла или черты предка, а носителем памяти о конкретной женщине, главе семьи в непростые времена.