Фамилия Куничик — редкий пример, где суффикс работает как ключ к происхождению. В ней два суффикса подряд: -ик- и -ич. Первый, -ик-, часто уменьшительный или указывает на профессию (как в «столярик» — маленький столяр или сын столяра). Второй, -ич, в восточнославянских фамилиях — типичный патронимический суффикс, означающий «сын такого-то». Вместе они образуют форму «сын маленького Куни» или «сын человека по прозвищу Куник».

Основа — «куна», слово с несколькими значениями. В древнерусском языке куна — это куница, ценный пушной зверёк, шкурки которого использовали как деньги. Отсюда прозвище Куня могли дать либо ловкому, юркому человеку (по повадкам зверька), либо тому, кто торговал пушниной или платил дань куницами. Второе значение — «куна» как денежная единица (от той же куницы). Третье — в юго-западных говорах куной называли хлебную меру или сноп, но это менее вероятно для фамилии.

Форма Куничик характерна для западного ареала — Беларуси, западной Украины, юго-запада России. Суффикс -ич там обычен для фамилий крестьян и мещан, в отличие от великорусских -ов/-ев. То есть предок носителя фамилии был, скорее всего, не дворянином (у тех -ич входило в полное отчество), а простым человеком, которого в документах записали по отцу: «Кунич» или «Куник», а потом, для уточнения рода, добавили ещё один суффикс — получился «Куничик».

Сравнение с однокоренными фамилиями — Кунин, Куницин, Куников — показывает, что Куничик стоит особняком. Если Кунин и Куницин — это «чей-то» (принадлежность), то Куничик — это «чей сын», что точнее указывает на родство по мужской линии. В польском языке есть фамилия Kunicki, которая могла повлиять на написание, но Куничик — именно восточнославянский вариант с уменьшительным оттенком.

Точной даты появления фамилии в письменных источниках нет, но по модели образования она могла сложиться не раньше XVI–XVII веков, когда патронимические фамилии на -ич стали массово фиксироваться в метриках и реестрах Речи Посполитой. Сегодня Куничики встречаются в основном в Гродненской и Брестской областях Беларуси, а также среди потомков переселенцев в Сибири и на Дальнем Востоке.