Фамилия Куничка — редкий случай, когда исходное слово почти не изменилось, а суффикс указывает на конкретную модель образования. В основе лежит название зверька — куница. Но если Куницын или Куников — типичные «чей?» (сын куницы или Куника), то Куничка — иначе.

Здесь работает суффикс -к(а), который в русских фамилиях встречается нечасто. Он характерен для украинской и белорусской традиции, где фамилии на -ка широко распространены (Шевченко, но есть и Ковальчук, и Куница). Однако в русском языке фамилия Куничка могла возникнуть как прозвище человека, похожего на куницу — ловкого, хитрого, быстрого или, наоборот, имеющего приметную внешность (например, темные волосы). Суффикс -к(а) здесь не столько уменьшительный, сколько прозвищный, указывающий на лицо по характерному признаку.

Вторая версия, менее правдоподобная, но возможная: фамилия могла произойти от крестильного имени Конон (в просторечии Куня, Куник) с добавлением того же суффикса. Но в этом случае ожидалась бы форма Куничкин или Куничков. Прямая форма Куничка — это почти наверняка застывшее прозвище, а не отчество.

Географически фамилия тяготеет к западнорусским и белорусским землям, а также к украинскому Полесью. В документах XVII–XVIII веков встречаются запорожские казаки с подобными прозвищами — Куница, Куничка. В русских переписных книгах фамилия фиксируется редко, что указывает на её локальный и, вероятно, недворянский характер. Носители были крестьянами, мещанами или казаками, а не служилым дворянством.

Словообразовательно фамилия стоит особняком: у неё нет типичного русского патронимического суффикса (-ов, -ин). Это делает её похожей на украинские фамилии вроде Сорока, Ворона, Голова, где прозвище стало фамилией без изменений. Куничка — тот же случай, только с уменьшительно-прозвищным суффиксом, который смягчает исходное значение: не просто куница, а «куничка» — маленькая, юркая, с оттенком ласкательности или иронии.

Если искать параллели, то однокоренные фамилии — Куницын, Куницин, Куничкин — все они вторичны по отношению к Куничка. Последняя — исходная форма, от которой могли образоваться остальные, но сама она уже не менялась.