Фамилия Кунинская — яркий пример того, как топоним становится родовым именем. Она образована от названия населённого пункта — Кунино, Кунин или Кунинка. Таких сёл и деревень в России и Беларуси несколько десятков, и почти каждое могло дать начало этой фамилии. Суффикс -ск- в основе указывает на то, что фамилия сформировалась по географическому принципу: «кунинский» — родом из Кунина. Такая модель была особенно распространена среди дворянства и духовенства, но могла закрепиться и за крестьянами, которых записывали по месту жительства.

Сама основа «Кунин» восходит либо к личному имени Куня (уменьшительная форма от Кузьма, Кондрат или даже от языческого имени Куна), либо к прозвищу, связанному с куницей — пушным зверем. Второй вариант менее вероятен, но не исключён: прозвище Куна мог получить ловкий, хитрый или богатый человек, чей промысел был связан с пушниной. Однако в случае с фамилией Кунинская топонимическая версия надёжнее: в старых писцовых книгах легко найти «деревню Кунино», а вот прозвищное происхождение для формы на -ский встречается реже.

Географически фамилия тяготеет к северо-западу России и к белорусским землям. Например, известна деревня Кунино в бывшей Псковской губернии, и именно оттуда могли пойти Кунинские. В сословном плане носители фамилии редко были крепостными: люди с фамилиями на -ский чаще встречались среди однодворцев, мещан и мелкопоместных дворян. Хотя документальных подтверждений о дворянском гербе Кунинских нет, не исключено, что отдельные ветви этой фамилии имели привилегированное происхождение.

С точки зрения словообразования фамилия стоит в ряду таких же географических фамилий, как Смоленский, Казанский, Тверской, но с той разницей, что основа у неё не от крупного города, а от небольшого села. Это делает Кунинскую фамилией локальной, привязанной к конкретному месту, и для носителя, знающего свою родословную, это может стать ключом к поиску корней: достаточно найти на карте то самое Кунино, откуда пошёл род.