Фамилия Куновская — яркий пример «географической» модели, распространённой в Польше, на западе Украины, в Беларуси и среди русских дворянских родов. Суффикс -ск(ий) / -ск(ая) указывает на связь с местностью: так называли человека, владевшего имением или происходившего из населённого пункта с корнем «Кун-». Вероятнее всего, речь идёт о Кунове — такое название носят несколько сёл и деревень, например, Кунов в Польше (Свентокшиское воеводство) или Куново в Беларуси и на Украине. Владельческий оттенок фамилии (Куновский — «из Куново») мог закрепиться за шляхтичем или помещиком, а в редких случаях — за крестьянином, переселившимся из этого места.

Основа «Кун-» сама по себе неоднозначна. В польском и западнорусском контексте она может восходить к прозвищу Кун — от польского kuna («куница») или от древнерусского «куна» (денежная единица, шкурка куницы). Человек по прозвищу Кун мог быть ловким, хитрым или связанным с пушным промыслом. Есть и другая версия: имя Кун — сокращение от скандинавского имени Кунд (в древнерусских летописях встречается варяг Кун), но для фамилии на -ский этот вариант менее вероятен, так как такие имена редко образовывали «географические» фамилии.

В Российской империи фамилия Куновская встречалась в основном среди польской шляхты и малороссийской старшины. Например, в реестрах Волынской и Подольской губерний XIX века упоминаются мелкопоместные дворяне Куновские. Женская форма Куновская (а не Куновский) — обычное явление для славянских фамилий, где окончание меняется по роду. Сегодня носители фамилии сосредоточены на западе Украины, в Польше и в среде потомков эмигрантов в США и Канаде.

Словообразовательная модель проста: топоним Кунов + суффикс принадлежности -ск(ий). Ударение, скорее всего, падает на второй слог — Куно́вская, хотя в польском варианте возможен акцент на первом: Ку́новская. Споров о происхождении почти нет — все версии сходятся на географическом корне, различаются лишь трактовки самого слова «Кун».