Фамилия Кунинина — редкий случай, когда её форма почти полностью совпадает с женским вариантом, но носительницей может быть и женщина. На самом деле, перед нами женская форма фамилии Кунинин, а мужская — Кунинин. В русской традиции фамилии на -ин, как правило, указывают на принадлежность к отцу или предку: «чей?» — Кунинин, то есть сын Кунини. Но чтобы понять, что стояло в основе, надо разобрать корень.

Основа фамилии — «Куня». Это не полное имя, а уменьшительно-ласкательная форма от целого ряда крестильных имён, популярных в старину: Куприян (латинское «кипрский»), Кузьма (греческое «мир»), а иногда и от Кондратий или Акиндин. В быту такие сокращения были обычным делом: Куня, Кунята, Куняша. Суффикс -ин в фамилии Кунинин двойной: сначала -ин- (принадлежность к Куне), а затем ещё один -ин- (уже фамильный). В результате получилась форма, которая буквально означает «внук Кунини», то есть потомок человека по прозвищу Куня.

Впрочем, есть и другая, более прозаичная версия. В некоторых говорах «куня» или «кунька» — это ласкательное название куницы, пушного зверька. Прозвище Куня могли дать ловкому, юркому человеку или, наоборот, тому, кто промышлял охотой на куниц. Тогда Кунинин — «из рода Куни», где Куня — прозвище, а не сокращение от имени. Такое объяснение менее распространено, но исключать его нельзя, особенно если фамилия бытовала в северных или сибирских регионах, где куница была промысловым зверем.

Географически фамилия Кунинин (и Кунинина) встречается нечасто, но корни её, скорее всего, лежат в центральной России или Поволжье. По данным переписей XIX века, крестьяне с этой фамилией записаны, например, в Костромской и Вятской губерниях. Социальный состав — преимущественно крестьянство и мещане, то есть люди, чьи фамилии формировались по отчеству или прозвищу, без привязки к дворянским родам. Дворянских ветвей с такой фамилией не зафиксировано.

Интересная деталь: двойной суффикс -инин в русских фамилиях — явление нечастое. Обычно он возникает, когда основа уже оканчивается на -иня (например, Кунина → Кунинин), но здесь исходная форма — Куня, а не Кунина. Это говорит о том, что фамилия могла образоваться не напрямую от имени, а через промежуточное отчество: сначала Куня → Кунин (сын Куни), а затем уже от фамилии Кунин образовалась форма Кунинин (внук Кунина). Такая модель встречается в северных говорах, где любили «наращивать» суффиксы для уточнения родства. Так что предки носителей фамилии Кунинина могли быть из тех мест, где ценили точность в обозначении поколений.