Фамилия Кунисов — одна из тех, где корень ясен, а вот исходное значение требует выбора между двумя версиями. По модели образования это типичная патронимическая фамилия: суффикс -ов указывает на принадлежность («чей?»), то есть в основе лежит личное имя или прозвище Кунис. Разговорный вариант — Кунисов, где ударение, скорее всего, падает на первый слог: Ку́нисов.

Что скрывается за основой «Кунис»? Первый и самый вероятный путь — от тюркского имени или прозвища. В тюркских языках (татарском, башкирском, казахском) слово «кун» или «кун» означает «солнце», а «кунис» может быть производной формой со значением «солнечный», «светлый». В кочевой среде такие имена давали детям, желая им счастливой и заметной судьбы. География фамилии подтверждает эту версию: Кунисовы чаще всего встречаются в Поволжье и на Урале, в регионах с сильным татарским и башкирским влиянием. Многие носители фамилии — русские, но корни уходят в тюркскую среду, что типично для фамилий, возникших на стыке культур.

Вторая версия, менее распространенная, но имеющая право на существование, — от славянского прозвища Кунис, связанного с куницей. В старину куница была ценным пушным зверем, шкурки использовали как деньги. Прозвище Кунис мог получить ловкий, быстрый человек, удачливый охотник или, напротив, хитрый торговец пушниной. Однако эта версия слабее: прозвище от «куницы» обычно давало фамилию Куницын, а форма Кунисов встречается реже и тяготеет к тюркскому ареалу. Словарь Б. Унбегауна фиксирует фамилию Кунисов как редкую, без привязки к славянской основе, что тоже склоняет чашу весов в пользу восточного происхождения.

Встречается и написание через «ы» — Кунысов, но это, скорее, диалектный или канцелярский вариант, не меняющий сути. Социально фамилия не была аристократической: носители её, судя по архивным записям XIX века, — крестьяне и мещане из Казанской, Уфимской и Оренбургской губерний. Никаких громких исторических личностей с этой фамилией не зафиксировано, что делает её типичной для своего региона: скромная, но с ясным и красивым корнем, означающим свет.