Фамилия Кунисова — женская форма фамилии Кунисов. В русской традиции такие фамилии на -ов/-ев и -ин склоняются: у Кунисовой, Кунисову. Мужской вариант Кунисов встречается редко, что само по себе указывает на возможную позднюю фиксацию фамилии или её искусственное происхождение.

Самая вероятная версия — фамилия образована от прозвища Кунис. В основе лежит слово «куница» — ценный пушной зверь. Прозвище Кунис мог получить либо охотник на куниц, либо скорняк, работающий с этим мехом, либо человек, напоминавший зверька ловкостью или окраской волос. Такие прозвища от названий животных давали часто: Куница, Куничкин, Куницын. Форма Кунисов — более редкая, суффикс -ов указывает на принадлежность: «сын Куниса».

Вторая версия, менее убедительная, — от тюркского имени Кунис (в переводе с казахского «кумыс» — кисломолочный напиток). Но для русского фамильного суффикса -ов тюркская основа маловероятна, если только предок не был крещёным татарином или башкиром.

Фамилия не входит в число распространённых. По данным открытых источников, носители фамилии Кунисова встречаются в Поволжье (Татарстан, Башкортостан) и на Урале — регионах, где пересекались русские и тюркские традиции. Сословно: скорее всего, крестьянская или мещанская, так как в дворянских родословных книгах она не отмечена.

Интересная деталь: фамилия Кунисова не фиксируется в дореволюционных переписях (например, в ревизских сказках) — это может говорить о её относительно позднем оформлении, возможно, уже в советское время при паспортизации, когда прозвище или уличное имя записали как официальную фамилию.