Фамилия Куницыны — это типичная «звериная» фамилия, образованная от прозвища или нецерковного имени Куница. В древней Руси куница была не только пушным зверьком, но и ходовой денежной единицей: шкурками куницы платили налоги и вели торговлю. Поэтому прозвище Куница мог получить либо ловкий, юркий человек (по ассоциации с поведением зверька), либо состоятельный торговец пушниной, либо сборщик податей — «куничник».

Фамилия стоит в форме множественного числа — Куницыны. Такая форма характерна для родовых прозваний, которые закрепились за целой семьёй или династией. В документах XVII–XVIII веков встречаются варианты написания: Куницины, Куницыны, а в говорах — Куничкины. Суффикс -ин указывает на принадлежность: «чей?» — куницын сын, внук, потомок. Это одна из древнейших моделей русских фамилий, распространённая в северных и центральных губерниях.

Интересная деталь: в некоторых регионах, особенно в Сибири и на Урале, фамилия могла возникнуть не от прозвища, а от названия населённого пункта — деревни Куницыно или Куницына. Такие топонимы встречаются в Вологодской, Кировской и Пермской областях. Переселенцы, уезжая на новые земли, нередко получали фамилию по месту прежнего жительства. Так что предки Куницыных могли быть и крестьянами, переехавшими из одной местности в другую.

Сословно фамилия не была закреплена за дворянством: Куницыны встречаются среди крестьян, мещан и купцов. В XIX веке носители фамилии нередко записывались с окончанием -ов (Куницынов), но в большинстве регионов сохранилась форма на -ын. Сегодня фамилия редкая, но не исчезающая — её можно встретить в Поволжье и на юге России.